Flora a vegetace CHKO Třeboňsko

Z ohrožené flory Čech roste na území CHKO/BR téměř 400 druhů, z nichž 104 patří mezi chráněné. Bohatstvím třeboňské krajiny jsou rozsáhlé jehličnaté a listnaté lesy, v nichž rostou místní provenience středoevropských stromů a keřů. Jednou z nejvýznamějších je borovice lesní. Dalším vzácným stromem je borovice blatka. Blatka spolu s borovicí lesní tvoří na Třeboňsku rozsahem zcela unikátní rašelinné lesy, v nichž je i největší česká populace rojovníku bahenního.

V suchých písčitých borech na Třeboňsku roste černýš hřebenitý, koniklec jarní a zimozeleň okolíkatý. V jehličnatých lesích a na jílovitých půdách roste třtina chloupkatá a některé játrovky – např. Bazzania trilobata, lišejník provazovka tlustovousá, nebo vzácná houba kalichovka leptoniová. V listnatých hájích roste např. vratička měsíční či vzácná vratička heřmánkolistá, kopytník evropský, svízel lesní, jaterník podléšku, lilii zlatohlavou, zvonečník klasnatý, hvozdík pyšný, černýš hajní, černýš hřebenitý, srpici barvířskou, ptačinec velkokvětý aj. V lužních lesích a olšinách v nivách řek i na obvodu starých rybníků rostou mimo jiné vzácná kapraď hřebenitá, kapradiník bažinný nebo ďáblík bahenní, hojný je rovněž chráněný bazanovec kytkokvětý stejně tak ve stokách žebratka bahenní a řada dalších.

Na rašelinných loukách či ostřicových porostech rostou hrotnosemenka bílá, bahnička chudokvětá, ostřice šlahounovitá, ostřice mokřadní, ostřice chudokvětá, ostřice dvoudomá, hlízovec Loeselův, vstavač kukačka. Rostou zde tři druhy hmyzožravých rosnatek - rosnatka okrouhlolistá, rosnatka dlouholistá, rosnatka prostřední, dále vachta trojlistá, plavuňka zaplavovaná, violka slatinná, všivec bahenní, tolije bahenní, pupečník obecný aj.

Ze vzácných mechorostů lze připomenout rašeliník tupolistý, porubku pochybnou, plstnatec rašelinný, suchopýrek alpský a suchopýr štíhlý, běžnější je suchopýr pochvatý a suchopýr úzkolistý. Na mnoha místech téměř kompletním výběrem keříčků z čeledi vřesovcovitých - kyhankou sivolistou, klikvou žoravinou, rojovníkem bahenním, borůvkou černou, vlochyní bahenní, brusinkou obecnou a vřesem obecným. Rostou zde rovněž vzácné řasy jako Binuclearia tectorum , houby-zubateček zavěšený, na vrbová pásma je vázána vzácná outkovka vrbová, václavka bažinná v porostech ostřic špička močálová, prášivka bažinná.

Mezi nejvzácnější druhy květeny stojatých i tekoucích vod patří téměř vymizelý stulík malý. Běžnější leknín bělostný zmizel z většiny svých stanovišť v důsledku eutrofizace vod. Mírně se šíří, ale stále je vzácný leknín bílý. Také stulík žlutý se v důsledku zániku četných přirozených biotopů stává vzácnějším. Mezi početnými druhy rdestů jsou v třeboňských vodách zastoupeny také rdest alpský, rdest světlý a rdest trávovitý. Roste tu několik druhů masožravých bublinatek - bublinatka jižní, bublinatka menší, bublinatka prostřední a bublinatka bledožlutá. Zachoval se ještě stolístek klasnatý a dva druhy růžkatců - růžkatec ponořený a růžkatec potopený. V přilehlých rákosinách rostou vedle rákosu, orobince širolistého a o. úzkolistého i poněkud vzácnější zevar jednoduchý a zevar vzpřímený nebo silně ohrožený a chráněný zevar nejmenší, pryskyřník veliký či řezan pilolistý.

Celá řada zvláštností rostlinstva na Třeboňsku se objevuje na periodicky obnažovaných rybničních dnech a pobřežních písčinách. Jsou to jmenovitě mechorost trhutka Hübenerova, kuřinka ostnosemenná, míčovka kulkonosná, puchýřka útlá, nehtovec přeslenitý, stozrník lnovitý, blatěnka vodní, pobřežnice jednokvětá, puštička rozprostřená, trojřadka Michelliova, velmi vzácně se objevuje masnice vodní, sítina rybniční, sítina hlavatá a jiné.

Na suchých písčinách, vátých píscích a suchých lesních okrajích rostou na Třeboňsku suchomilné porosty se vzácnou nahoprutkou písečnou, koniklecem jarním, mateřidouškou úzkolistou, kostřavou vláskovitou, čilimníkem řezenským, ostřicí vřesovištní a jinými.